دومین سند راهبردی پژوهشکده محیط زیست و توسعه پایدار، با افق پنج ساله ۱۴۰۸ – ۱۴۰۴ که در هفدهم شهریور ماه سال ۱۴۰۴ به تصویب هیات امناء رسیده، می کوشد با تاکید بر اهداف اسناد بالادستی حوزه محیط زیست از جمله نقشه جامع علمی کشور و سیاست های ابلاغی مقام معظم رهبری مدظله العالی در حوزه محیط زیست و بندهای مرتبط با برنامه هفتم پیشرفت در جهت اعتلای دانش و فناوری در کشور و ارتباط موثر با جامعه و صنعت و رشد و بالندگی علمی در این حوزه گام بردارد.
این سند مشتمل بر (۸) هدف عالی، (۱۹) راهبرد و (۷۷) اقدام عملیاتی است.
اولین برنامه راهبردی پژوهشکده نیز بر اساس نیازهای وقت برای سال‌های ۱۳۹۷ تا ۱۴۰۲ به عنوان سند اصلی توسعه و پیشرفت پژوهشکده تهیه گردید که قابل دریافت است.
پژوهشکده محیط زیست و توسعه پایدار به عنوان بازوی تحقیقاتی و سیاستگذاری پژوهشی سازمان حفاظت محیط زیست کشور، براساس موافقت قطعی شورای گسترش آموزش عالی کشور و با چهار گروه پژوهشی اقتصاد محیط زیست، ارزیابی و مخاطرات محیط زیست، تنوع زیستی و ایمنی زیستی و مهندسی محیط زیست و پایش آلاینده‌ها در حال فعالیت است. بر اساس اساسنامه مصوب شورای گسترش آموزش عالی کشور محل فعالیت پژوهشکده در تهران بوده و در شرایط فعلی، در ضلع شمال غربی پارک پردیسان مستقر است و البته می‌تواند واحدهای کارگاهی در سراسر کشور داشته باشد.
